Ο Άγιος Παΐσιος στις 12 Ιουλίου 1994 εκοιμήθη εν Κυρίω κι ετάφη δίπλα στο ναό του Αγίου Αρσενίου. Άνθρωποι από κάθε μέρος της χώρας, αλλά και του εξωτερικού, ταξιδεύουν για να τιμήσουν τη μνήμη του Αγίου.
Μετά το 1993 ο Άγιος Παΐσιος παρουσίαζε αιμορραγίες για τις οποίες αρνούνταν να νοσηλευτεί λέγοντας ότι «όλα θα βολευτούν με το χώμα». Το Νοέμβριο του ίδιου έτους βγήκε για τελευταία φορά από το Άγιον Όρος και πήγε στη Σουρωτή, στο Ησυχαστήριο του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου για τη γιορτή του Αγίου Αρσενίου (10 Νοεμβρίου).
Η ιστορία του θαύματος του Αγίου Παϊσίου
Εκεί έμεινε για λίγες μέρες και ενώ ετοιμαζόταν να φύγει ασθένησε και μεταφέρθηκε στο Θεαγένειο, όπου έγινε διάγνωση για όγκο στο παχύ έντερο. Θεώρησε τον καρκίνο εκπλήρωση αιτήματός του προς το Θεό και ωφέλιμο για την πνευματική του υγεία. Στις 4 Φεβρουαρίου του 1994 μ.Χ. χειρουργήθηκε. Παρότι η ασθένεια δεν έπαυσε, αλλά παρουσίασε μεταστάσεις στους πνεύμονες και στο ήπαρ, ο γέροντας ανακοίνωσε την επιθυμία του να επιστρέψει στο Άγιο Όρος στις 13 Ιουνίου. Ο υψηλός πυρετός όμως και η δύσπνοια του Αγίου Παϊσίου τον ανάγκασαν να παραμείνει.
Στο τέλος του Ιουνίου οι γιατροί του ανακοίνωσαν ότι τα περιθώρια ζωής του Παϊσίου ήταν δύο με τρεις εβδομάδες το πολύ. Τη Δευτέρα 11 Ιουλίου (γιορτή της Αγίας Ευφημίας) κοινώνησε για τελευταία φορά γονατιστός μπροστά στο κρεβάτι του. Τις τελευταίες μέρες της ζωής του αποφάσισε να μην παίρνει φάρμακα ή παυσίπονα, παρά τους φρικτούς πόνους της ασθένειάς του. Κοιμήθηκε την Τρίτη 12 Ιουλίου 1994 μ.Χ. και ώρα 11:00 και ενταφιάστηκε στο Ιερό Ησυχαστήριο του Αγίου Ιωάννη του Θεολόγου στη Σουρωτή Θεσσαλονίκης.
Η Ιερά Μονή είναι αφιερωμένη στον Άγιο Ιωάννη τον Θεολόγο και στον Άγιο Αρσένιο τον Καππαδόκη, του οποίου τα Λείψανα βρίσκονται στο Καθολικό της Μονής. Οι μοναχές της Ιεράς Μονής Σουρωτής, είχαν πνευματικό καθοδηγητή τους τον μακαριστό Γέροντα Παΐσιο. Ο Γέροντας ετάφη δίπλα στο ναό του Αγίου Αρσενίου.
